El conflicto de la mina San Rafael Las Flores dejó algo más que un Estado de Sitio como respuesta a la oposición de los pobladores a la explotación de su territorio. Fue el punto de partida para que el Gobierno de Guatemala ensaye una nueva estrategia de seguridad, impulsada en secreto, y que ubica a los movimientos de oposición a los proyectos extractivos como una amenaza para la seguridad nacional.
Para marzo de 2013, se acordó que el «Grupo Interinstitucional de Asuntos Mineros», como parte de la Política Nacional de Seguridad.
El Estado movilizó al ejército y a la policía luego de los hechos violentos que arrancaron en septiembre de 2012 en el municipio de San Rafael en contra de la minería.El Estado movilizó al ejército y a la policía luego de los hechos violentos que arrancaron en septiembre de 2012 en el municipio de San Rafael en contra de la minería.