En el entorno más cercano a Sevilla, el tema medioambiental que más le preocupa es la explotación de Minas Las Cruces, junto a Gerena. «Lo que explican sus directivos cuando se visitan las instalaciones, o cuando muestran con un power-point sus proyectos y cálculos, tiene poco que ver con la realidad.
La contradicción es tan flagrante que, en Canadá, la multinacional Inmet sí explica desde su sede central, con su página web, los problemas que están teniendo en Las Cruces, mientras que en Sevilla se ocultan». Rafael Baena dice que «en Las Cruces el residuo no se arroja a una balsa, como ocurría en Aznalcóllar con Boliden. Se deposita en seco, sobre geotextil (plástico), encima de capas de grava. Pero está lixiviando más de que preveían y crea agua ácida en mayor cantidad de la que calculaban y de la que tienen capacidad para depurar en su planta de tratamiento. Y se les ha inundado la corta, y con tanta humedad el gossan no se compacta igual. Son problemas que se auguraban antes de comenzar. Pero en Andalucía se había hundido el sector de la minería, y hay políticos presionados para generar actividad industrial como sea».
A su juicio, «lo más preocupante es la gestión del acuífero subterráneo que pasa por donde se ha establecido la mina. Es un acuífero clave para Sevilla y, con el fin de excavar por debajo de su cota, para no contaminarlo extraen el agua con pozos y la reinyectan más adelante en otro lugar. Pero el acuífero lleva mucho más agua de la que ellos imaginaban». En ocasiones ha visto el intenso tráfico de camiones sacando toneladas de marga de esa explotación minera tan potente. «Se la están llevando a muchos sitios para amontonarla. Por ejemplo, a terrenos de Sevilla contiguos a la salida norte de la autovía de San Jerónimo a la Rinconada. Una zona donde hay interés en construir. Pero, con tanta marga en superficie, cuando el Ayuntamiento de Sevilla quiera urbanizar esos terrenos, los estudios geotécnicos van a indicar muchos problemas para construir».